Церковь была построена в 1898 г. на средства прихожан и освящена в марте 1898 г. с причислением к ней причта ранее существовавшей Ожогинской церкви, построенной и освященной в 1852 г. (самостоятельный Ожогинский приход был открыт в 1840-х гг.). Новый храм — однопрестольный, деревянный. Церковная утварь была перенесена из упраздненной Ожогинской церкви.
Службу нес один состав причта, получавший государственное жалование, ружное содержание и пайковое довольствие. Церковных земель к 1911 г. выделено не было. Прихожанами были построены дома для священника и псаломщика. В Аллаиховском приходе было расположено 3 часовни:
на реке Аллаих – Николаевская, расположенная в 200 верстах от храма построенная и освященная в 1850 г.;
в Русском Устье – Богородицкая, расположенная в 120 верстах от храма, построенная в 1853 г. верхоянскими мещанами, проживающими в с.Русское Устье и освященная в 1853 г.. В часовне имелся колокол, пожертвованный купцом Я.Ф.Санниковым;
на Станчике – Димитриевская, расположенная в 170 верстах от церкви, построенная верхоянским мещанином Н.Е.Чикачевым и в 1869 г. освященная епископом Дионисием. В часовне было 4 иконы.
Прихожан в 1909 г. — 1089 человек, проживавших в 2 Ноготском, Едюгейском, Куринском наслегах Усть-Янского улуса, 2 Юсальском наслеге Эльгетского улуса и юкагиров Кункурского, Буяксирского и Каменноюкагирского родов.
В разные годы в церкви служили:
| № | ФИО | Начало | Конец | |
| 1 | Винокуров Василий Иванович | 1914 | Священник | |
| 2 | Свинобоев Михаил | 1919 | Псаломщик |
В 1936 г. здание церкви было разобрано, бревна были сплавлены в с.Русское Устье и использованы при строительстве школы, часовня в местности Станчик не использовалось из-за аварийности здания