В 1800 году на имя императора Павла I было отправлено прошение от князя Хангаласского улуса Ильи Шадрина об открытии в Якутии духовной школы. Святейший Синод принял решение открыть при якутском Спасском монастыре духовное образовательное учреждение миссионерской направленности. 1 января 1801 года эта школа начала свою работу.
Посетивший Якутск летом 1815 года епископ Иркутский, Нерчинский и Якутский Михаил (Бурдуков) нашел монастырскую школу «ненужной по малочисленности учеников и несоответствующей целям обучения» и направил ходатайство о её закрытии. Указом Синода от 30 марта 1817 года школа закрылась и ставился вопрос об открытии вместо неё духовного училища.
Осенью 1818 года было создано уездно-приходское училище для священно-церковно-служительских детей. За неимением собственного дома оно было сперва размещено в соборной богадельне, а потом в Спасском монастыре Якутска. В январе 1858 года состоялось Высочайшее повеление об учреждении Якутского викариатства. В том же году в Якутск была переведена из Ситхи Новоархангельская духовная семинария , ставшая после этого Якутской. Ректор архимандрит Петр (Екатериновский), преподаватели и учащиеся Новоархангельской семинарии прибыли в Якутск 12 сентября 1858 года, а 17 сентября начался учебный процесс.
21 января 1870 года в результате пожара здание Духовной семинарии и духовного училища было уничтожено. В связи с этим 17 июня по определению Святейшего Синода Якутская духовная Семинария была переведена в Благовещенск.
В 1884 году стараниями епископа Якутского и Вилюйского Иакова (Домского) и епархиального духовенства семинария была восстановлена.
Новое двухэтажное деревянное здание Якутской семинарии было построено в 1887 году.
Вплоть до конца XIX века была миниатюрной, имея в 1897 году лишь 44 воспитанника. Её выпускников было слишком мало для того, чтобы обеспечить епархию квалифицированными священнослужителями. Но к 1911 году количество семинаристов увеличивается почти в 4 раза (171 человек), и семинария по их числу выходит на первое место в регионе.
При семинарии находилась церковь и духовное училище. Незадолго до 1910 года в семинарии стали преподавать миссионерские предметы, которые, однако, почти не касались религиозной жизни якутов.
В конце XIX века в Якутском духовном училище обучалось почти сто человек. Оно стало первым профессиональным учебным заведением на территории Якутии и сыграло очень важную роль в распространении грамотности.
5 апреля 1920 года постановлением Якутского губревкома все духовные учебные заведения года Якутска были закрыты.
В 2006 году по благословению Патриарха Алексия II и решением Священного Синода Якутское духовное училище возобновило свою деятельность.
6 октября 2011 года благословением Патриарха Кирилла и решением Священного Синода Русской Православной Церкви Якутское Духовное Училище было преобразовано в Якутскую Духовную Семинарию.
В августе 2015 года епископ Роман (Лукин) так оценил деятельность семинарии:
Семинария— один из самых затратных проектов епархии, но в то же время эффективных. И я сознательно иду на эти траты, порой урезая какие-то другие расходные статьи, поскольку понимаю: развития церковной жизни не будет, если не будет своих священников. Об этом, кстати, говорили и святитель Иннокентий Московский, и первый епископ Якутии Дионисий (Хитров). Не случайно ведь святитель Иннокентий в своё время перевел семинарию с острова Ситха в Якутск и в Якутии случился расцвет церковной жизни.
За последние четыре года, после того, как духовное училище Якутска получило статус семинарии, её пастырское отделение окончило 16 выпускников, регентское отделение— 15, курсы катехизаторов— 14. Все они поступили в распоряжение епархии, и, могу сказать, для нас это стало хорошим подспорьем.
Семинария в настоящее время. Якутская Духовная Семинария, единственное на Северо-Востоке Сибири высшее духовное учебное заведение Московского Патриархата.
В Семинарии изучаются богословские, исторические, церковно-практические и общегуманитарные дисциплины. Имеющийся в Духовной школе спортивный зал позволяет студентам заниматься активными видами спорта.
Обучение, питание и проживание студентов осуществляется на средства Якутской и Ленской епархии.
Срок обучения— 4 года (бакалавриат)
Кроме пастырского отделения, на котором обучаются будущие священнослужители, в Семинарии, на соответствующих отделениях, открыты программы подготовки церковных певчих и катехизаторов.
Ректоры:
- Архимандрит Петр (Екатерининский) (1858)
- протоиерей Димитрий Хитров, (1858—1868) и.о. до 11 января 1862
- протоиерей Стефан Добротворский (1884—1888)
- Архимандрит Иоанникий (Надеждин) (31 марта 1888—1891)
- Николай Петрович Трусковский (1892)
- Архимандрит Стефан (Киструсский) (29 января 1892— 13 января 1895)
- протоиерей Феодор Стуков (1895—1907)
- Архимандрит Дионисий (Прозоровский) (1907—1910)
- протоиерей Василий Ильинский (1910— после 1917)
- игумен Андрей (Мороз) (5 октября 2011— 30 мая 2014)
- иеромонах Иларион (Варежкин) (30 мая 2014 — 15 октября 2018)
- Архиепископ Роман (Лукин) (с 15 октября 2018 по настоящее время)
История Якутской духовной семинарии в фотографиях.
